Flores ist eine wenig besuchte Insel. Trotzdem bietet vor allem das Meer viele Möglichkeiten für einen Aktivurlaub.
In den Flüssen sowie in der Lagoa da Lomba kann man auch im Landesinneren angeln. Dazu benötigt man allerdings eine offizielle Genehmigung des Servico Florestal gegen eine geringe Gebühr. Der Fang ist dann auf 15 Fische pro Mann/Frau beschränkt. Die fischreichsten Flüsse und Bäche sind die Ribeira dos Moinhos, die Ribeira da Fazenda, die Ribeira da Silva, die Ribeira da Urzela und natürlich die Ribeira Grande.
Auch für Taucher ist Flores ein attraktives Revier, denn die Küste ist zerklüftet, es gibt viele Grotten und zahlreiche vorgelagerte Inseln. Der Golfstrom hält das klare Wasser im Sommer angenehm warm. So findet man an der Küste eine vielfältige Meeresfauna und -flora. Im Clube Naval in Santa Cruz kann man sich vorab darüber informieren. Interessant für Taucher sind die Baixa do Amigo (eine Untiefe, die mit dem Boot erreicht werden kann), die Ilheu do Garajau (eine felsige Insel ca. 2 Meilen vor der Küste), die Ponta da Caveira (eine Landzunge im Osten mit verschiedenen Grotten und Lavahöhlen und einem großen Artenreichtum) und die beiden Schiffswracks der Slavonia und der Papa Diamante.
Beim Hochseefischen und Angeln an der Küste kann man Sargo, Pargo, Veja, Garoupa, Bodiao, Cavala, Cherne, Goraz, Rocaz, Atun, Espadarte und Espadim fangen. Ausflüge aufs Meer werden von Santa Cruz und Lajes aus angeboten.
Ein besonderes Erlebnis ist auch eine Bootsfahrt entlang der Küste von Faja Grande über Lajes nach Santa Cruz. Dabei passiert man versteckte Buchten, hohe Klippen, einige Höhlen, Wasserfälle und auch viele kleine Inseln.
Surfer und Bodyboarder finden am ehesten an der Westküste in der weiten Bucht nördlich von Faja Grande geeignete Bedingungen.
Seekajak- und Kanutouren sind vor allem vor der Faja Grande möglich.
Außerdem gibt es rund um die Insel unzählige Wanderwege, von denen allerdings nur wenige markiert und gepflegt sind. Egal, ob man auf markierten Wegen wandert oder sich auf Entdeckungsreise auf teilweise zugewachsenen alten Verbindungswegen begibt, eine Wanderung auf Flores ist in jedem Fall ein Erlebnis. Leider handelt es sich fast ausschließlich um Streckenwanderungen ohne Rückkehrmöglichkeit. Rundwanderwege sind sehr selten. Im unbewohnten Hochland trifft man eigentlich nur auf die Mietwagen der Touristen.
Zu den interessantesten Wanderwegen gehört der alte Verbindungsweg an der Westküste, aufgeteilt in die Etappen Ponta Delgada – Faja Grande (hier hat man bei guter Sicht die gesamte Nordwestküste mit den vorgelagerten Inseln Maria Vaz und Monchique vor sich und blickt nach Norden bis nach Corvo) und Lajedo – Faja Grande, die Abfahrt von der Hochebene zur Faja Grande (vorbei an den Seen Caldeira Seca und Branca, die als Stätten von gemeinschaftlicher Bedeutung eingestuft sind) oder die Abfahrt zur Faja de Lopo Vaz im Süden.
Mountainbike-Angebote sind noch sehr selten. Die besten Möglichkeiten bestehen an der Faja Grande.
Wer sich für Geotope interessiert, sollte die Felsen und Basaltsäulen der Rocha dos Bordoes (entstanden durch rasche Abkühlung des Gesteins), die zahlreichen Kraterseen (insbesondere die Caldeiras Funda und Rasa) oder die Faja de Lopo Vaz unterhalb der hohen Steilküste besuchen.
Canyoning ist an vielen Stellen der Insel möglich. Besonders interessant sind der 1,5 km lange Abschnitt der Ribeira dos Algares mit 350 m Höhenunterschied, der 2 km lange Abschnitt der Ribeira do Cabo mit 7 Schluchten und 360 m Höhenunterschied, die Ribeira dos Mosteiros mit 245 m Höhenunterschied und die Ribeira do Monte Gordo mit 305 m Höhenunterschied.
Die Vogelbeobachtung ist vor allem im Hochland an der Lagoa Branca möglich. Hier rasten zahlreiche nordamerikanische und europäische Vogelarten und es wurde eigens eine Vogelbeobachtungsstation eingerichtet, in der man geschützt und unbemerkt warten kann.
